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分子对接 分子动力学
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翛
08-24
大佬们，这个怎么办呀
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╭哭眸
频道主
07-28
VASP 5.4.4,6.5.1
所需VASP插件：
（1）VASPkit 1.3.0
(2)ASE 3.22.x;
(3)p4vasp0.3.30;
(4)VASPsol 1.1.0;(5)VTST Tools2019年版；(6)Bader Charge 2023年版；(7)LOBSTER 3.2.0;(8)Wannier902.1.0;
(9)Phonopy 2.11.0;
(10)0vito 3.6.×（稳定版），
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杨杨羊🐏
07-17
这种情况该怎么处理
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希
06-19
大家好，我想请问一下问题，我在使用autoducktool中run autoduck时出现闪退，我查了一下发现是因为没有之前运行是没有下载
NA.map
这个文件，但其它map文件都在文件夹中存在，请问一下这个应该如何解决嘛
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YoYo
05-27
有没有前辈做过金属离子锌和蛋白的分析对接吗？我琢磨了好久都不会。有偿咨询
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克守娜份情
04-15
有没有人知道，分子对接显示原子没电荷，该怎样解决，用的是autodock
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╭哭眸
频道主
02-20
入坑Amber须知 Amber vs. AmberTools 区别 AmberTools 核心功能
引言
在分子对接研究中，我们通常使用GROMACS进行分子动力学模拟，但GROMACS默认不会识别配体（小分子药物）的力场参数。因此，为了正确模拟受体-配体相互作用，我们需要手动生成配体的拓扑文件，并引入适用于GROMACS的力场参数。
AmberTools和acpype是常用的工具，可以将Amber力场应用于小分子，并转换为GROMACS兼容的拓扑文件。因此，正确安装和配置AmberTools与acpype是至关重要的。本文将详细介绍它们的安装步骤及相关注意事项。
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╭哭眸
频道主
01-13
互联网上已有的Gromacs版本分为两种：
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╭哭眸
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2024-12-05
深入剖析：AutoDock与Vina对接工具的选择指南
> 问题描述：
> > 总有一些朋友过来说，帮我看看我这个AutoDock对接的东西，怎么AutoDockTools（MGLTOOLS）打开会报错呢，结果一看文件夹里都是Vina对接的产物和AutoDock对接没有任何关系。
# 一、AutoDock和Vina的基本区别
对于基本的区别，之前的文章中写了可以点进去看：
[AutoDock与Vina的区别 如何选择AutoDOCK与Vina对接 AutoDock对接系列 run autogrid出现\[Error 2\]从而得不到.map文件 AutoDock安装闪退](
https://blog.csdn.net/GHZ2443063059/article/details/135613448)
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╭哭眸
频道主
2024-12-02
AutoDock与Vina的区别以及选择 AutoDock安装闪退
# AutoDock与Vina的区别以及选择 AutoDock安装需要什么 Vina安装后是什么样子
## 下面通过以下几个方面来讲解
@[TOC](文章目录)
---
# 前言
关于很多的人分不清AutoDock这个对接工具以及Vina对接工具的区别以及他们安装以后的样子等等，导致大家在安装的时候频频犯难！
> 下面就给大家详细的讲解以下他们二者的区别
---
`疑惑：他们二者有什么关联呢`
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