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入坑Amber须知 Amber vs. AmberTools 区别 AmberTools 核心功能 
载体的概念：Windows系统想要安装Linux系统的软件，那么就需要安装对应的载体来承载Linux系统，进一步来安装对应的某软件。对于载体之间有不同的功效安装出来性能之间的差异，我们可以看这篇有关Gromacs的文章，文章中下部分有介绍：
这种方法可行，但是因为地区的限制，官网给出的方法小白照着弄的报错率高达90%
引言
在分子对接研究中，我们通常使用GROMACS进行分子动力学模拟，但GROMACS默认不会识别配体（小分子药物）的力场参数。因此，为了正确模拟受体-配体相互作用，我们需要手动生成配体的拓扑文件，并引入适用于GROMACS的力场参数。
AmberTools和acpype是常用的工具，可以将Amber力场应用于小分子，并转换为GROMACS兼容的拓扑文件。因此，正确安装和配置AmberTools与acpype是至关重要的。本文将详细介绍它们的安装步骤及相关注意事项。
这里先申明，Amber 官网能下载到的只有Linux系统的源码，没有Windows系统可以使用的的安装文件；官网也明确给出对于Windows的安装推荐使用WSL2 子系统 作为载体的方式进行安装。
（1）如何区分Amber 和 AmberTools ，看功能不看名称
Amber是一套生物分子模拟程序。它始于 20 世纪 70 年代末，由一个活跃的开发社区维护；
Amber 分为两个部分： 和 。
（24是目前官网最新的版本以前更通用22的版本）
1.1 AmberTools主要常用的核心功能模块：
所以重点就来了，只装了AmberTools的朋友，你是没有pmemd模块的，它属于完整的Amber 安装出来的模块。
1.2 Amber 核心功能模块： 完整的Amber 里面是自带AmberTools的。
Amber24 软件包在 AmberTools24 基础上添加了pmemd 程序，该程序类似于AmberTools 中的sander（分子动力学）代码，但在多个 CPU 上提供了（更）更好的性能，并在 GPU 上显著提高了速度。
所以重点来了：
AmberTools系列 是免费的
Amber 完整的是包含了Amber 和 AmberTools的 ，是商用的，需要去官网购买许可证的。
所以下面第一种安装手段，Conda的安装方式，只能安装开源的（免费的）。
（2）目前主流的安装手段：
1. 1 通过Conda （Minconda3）进行安装AmberTools这个开源免费的工具；
官网给出：
1.2 通过访问官网，从而获取官网提供的安装包；
这种方式可以获得AmberTools 22 | 24 以及 Amber 完整版的 Linux 源码安装包；
缺点是：这是人家国外平台，官网服务器位于：美国佐治亚州亚特兰大 所以正常国内可能是访问不了的，需要一些 Magic 来实现访问；
（3）如何选择 安装方式
Amber 和 AmberTools 是两个东西，怎么选择根据自身科研的目的来选。根据功能来选，他们二者的核心功能在上方的表中。
1.1 用于前处理 & 轨迹分析
可以通过 Miniconda 安装 AmberTools
1.2 真正运行分子动力学模拟（如 pmemd）
必须安装 完整 Amber
1.3 Amber 和 AmberTools 都可以通过Linux源码编译的方式来安装，这样可以动态配置参数。
动态配置参数目的在于：可以自定义要安装的是 普通版的Amber 完整版 、 MPI并行版本的Amber完整版 、 GPU加速的 Amber完整版；
一般GPU加速版的是需要Nvidia的显卡的，AMD的能安装但是安装难度会更大。
选择源码编译需要注意：
Windows 需要安装载体 才能安装Linux的东西；
Mac 是通过XCode或者 XQuartz 来操作的；
Linux 本身的服务器或机子 可直接安装；
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2025-02-20
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